深国预在深圳国际高中率先实行英美精英学校所推崇的“分院制”，设立了四个分院（House），分院有各自的动物吉祥物、座右铭和色彩，每个分院由不同年级的学生组成，并选举一名高年级学生成为队长，教师也被分配到各个分院，协助学生队长进行分院管理。

分院设有“学院积分”，学生以分院为单位参加各类活动，为集体争取荣誉。同时，分院对奖励和惩处列明了框架，当学生在日常行为中得到奖励或受到处分，都会在学院积分中体现。

分院制就像是 “小家庭、大社会”，它使学生跳脱出横向的年级划分，多了一个纵向的维度，为学生创设了一个全新的社交和成长平台。通过学科、艺术、体育等多种不同形式的活动，每名分院成员之间密切交流、合作，不同分院之间互相学习、竞争。在分院中，学生的领导能力、组织能力和交际能力得以锻炼，归属感、被包容感、忠诚感、荣誉感，以及相互鼓励的意识得以增强。学生在安全的、给予充分支持的环境下提升自信，展现风采，勇敢尝试和冒险，成为更好的自己。